Den allment aksepterte forklaringen av thylacins fastlandsutslettelse har involvert tre faktorer: mennesker, dingoes og klima. Det har blitt mistanke om at klimaet spilte en mindre rolle, og at dingoen ble introdusert til Australia for rundt 5000 år siden, og den voksende befolkningen i stadig mer sofistikerte mennesker utekonkurrerte thylaciner som rovdyr. Den tasmanske befolkningen, adskilt fra fastlandet for 14.000 år siden, overlevde til 1936, da den sist kjente indivivalen døde i en Hobart zoo.
Men mitokondrialt DNA fra 51 thylacinprøver fra Australia og Tasmania antyder at en El Niño-Southern Oscillation-event bidro til fastlandsutryddelsen. De tidlige befolkningene i Australia var genetisk mangfoldige, men værmønsteret utløste en rekke langvarige tørke som var spesielt tøffe på dem som bodde i tørre vestlige Australia. Dette bidro til deres utryddelse, så vel som for fastlandsbefolkningen av Tasmanske djevler. Forholdene var litt bedre i Tasmania - tylacinene droppet i antall, men begynte å sprette tilbake for 700 år siden - akkurat i tide for europeere.