Young, også den åndelige lederen til Utahs Mormons bosettere, hadde ikke en høy mening fra føderale offiserer generelt. Han kalte dem "hund og skunks ... sendt her av myndighetens myndighet til å herske over menn så langt over dem som de er over de lave og onde dyrene de så trofast representerer." Men Burr utgjorde en spesiell trussel. Han hadde gjort navnet hans kartlegging stater lenger øst, men hans oppgave i Utah var en helt annen type jobb. Han og hans menn var ment å pakke ut land av territoriet til tomter som kunne bli solgt eller bosatt, og til de mormonsamfunn som allerede bodde på noen av landene, var dette arbeidet en trussel. Når den føderale regjeringen hadde målt bakken under føttene, var det ingen garanti for at de ville få lov til å bli.
I 1850-tallet Utah, skapte ingen konflikt mer stress enn kampene over føderale landundersøkelser, skriver historiker og professor emeritus ved Brigham Young University, Thomas G. Alexander. I to år ble Burr og hans team trakassert, spionert på og anklaget for svindel. På den tiden sendte Burr distresserende rapporter tilbake til Washington, og advarte president Buchanan om at Utahs mormoner forberedte seg på kamp.
Bare to år etter at de ankom, hadde de undersøkt 2,5 millioner hektar - en liten del av territoriet - Burr og hans team flyktet territoriet i frykt for deres liv, og Buchanan sendte i 2500 tropper for å installere en ny guvernør.
Mormons bosettere kom først til Utah i 1847, etter at kirkens grunnlegger, Joseph Smith, ble drept av en mob i Illinois. Smiths tilhengere hadde bosatt seg i Illinois etter at guvernøren i Missouri, deres tidligere hjem, hadde bestilt dem "utryddet." Young, gruppens nye leder, bestemte seg for å bevege seg vestover, til isolasjon og frihet i ørkenen. Ikke lenge etter at mormonene bosatte seg ved Great Salt Lake, tok USA seg i besittelse av området som spoils av den meksikansk-amerikanske krigen, og kirkens tilhenger ble igjen presset inn i forhandlinger og sammenstøt med usympatiske og ofte fordømte amerikanske politikere.
Selv om noen bosettere hadde bodd på territoriet i nær et tiår, hadde de lite krav på landet de okkuperte. Den føderale regjeringen anerkjente til en viss grad landskravene til lokale stammer, men til slutt ansett seg eieren av hele landet i Utah. Selv om Utah-lovgiveren hadde opprettet bruksrett og autoriserte fylkeundersøkelser, bodde bosetterne fortsatt utenfor rammene som ville gjøre dem i stand til å få lovlige landskrav, slik at landmålerens arbeid var en kilde til stor angst for dem.
Unge og hans allierte var ikke gale for å være mistenkelige for Burr, selv om de brukte underhanded strategier for å bekrefte sine bekymringer. De fanget Burrs post, og fant at han sendte klager til Washington. Salt Lake City, han kommuniserte, var større enn en by, det var lov til å være under føderal lov. Burr også bekymret for makt og innflytelse av Mormons kirke. Territoriet ga kontroll over knappe ressurser - som tømmeret som bare vokser i kløfter - til fremtredende mormonledere, som skulle lede dem til det offentlige gode. Om lag en tredjedel av kirkens medlemmer måtte også gi hvilke juridiske rettigheter de kunne kreve på deres land til Young og kirken, et arrangement som Burr så som en farlig fusjon av kirke og stat.
Etter å ha lest Burrs post, konfronterte han en gruppe territoriale tjenestemenn, inkludert skuespilleradvokaten og den territoriale marshalen. Han måtte slutte å skrive disse brevene, de fortalte ham, og "de ville alltid vite om han gjorde det igjen," ifølge Alexander, historikeren.
Samtidig ledet Mormons ledere sin egen epistolære kampanje mot Burr. Surveyor-General, ifølge Young, "var aldri noe annet enn en snurre valp, snapping og biting på alt som kommer i veien ... svindler regjeringen i stor grad, er all oppmåling som har blitt gjort av hans parti ikke verdt en groat . "Selv om de skulle markere undersøkelseslinjene med permanente monumenter, skrev Young," de legger ned små innsatser som vinden nesten kunne blåse over .... Ikke en vestig av alt de gjør vil bli igjen for å markere hvor de har vært i fem år. "
Hvis Burr og hans team ikke gjorde sitt beste arbeid, kan det ha vært delvis på grunn av hindringen de møtte fra nybyggere. En landmåler, Charles Mogo, hadde hans okser stjålet, og måtte gå ut på en jobb med et lag vekter. De mottok rapporter at mormonene prøvde å vende innfødte stammer mot dem ved å si at de skulle komme til å ta bort landet - noe som ikke var unøyaktig, selv om det ikke var oppgitt formål med undersøkelsen. I noen tilfeller, ifølge Burr, fjernet fiendtlige mormoner bare markørene hans lag hadde satt seg ned.
Snart økte disse spenningene til vold. En annen av Burrs landmålere, Joseph Troskowlawski, ble slått nesten til lammelse. Søndagens prekener begynte å nevne Burr og hans menn etter navn og innvie mot dem. Burr snart igjen og føderale tropper kom inn. Den resulterende konflikten, Utah-krigen, var ikke akkurat et show av styrke av Buchanans regjering. Etter en toårig standoff med Young og hans folk, forhandlinger avsluttet konflikten og brakt inn en ny territorium. Det var et svart øye for presidenten, som ble anklaget for å handle i hast og uvitenhet, eller om han ikke hadde tilstrekkelig til å levere de troppene han hadde sendt.
Personalet Burr venstre bak gjorde ikke bra heller. Mogo ble anklaget for å stjele hester og ble nesten stenet til døden av en Mormons mob. Han flyktet uten sin gravide kone. (Deres nyfødte sønn ville senere dø på en kald og snøig reise for å bli med ham.) En kontorist, C.G. Landon, ble slått med steiner og klubber, men klarte å rømme. En mobbe fant ham to dager senere hjemme, i sengen, pleide hans sår, og han måtte hoppe ut av et andre etasje vindu for å unnslippe. Han ledet, barfote, ut av Salt Lake City og forsvant. For måneder hørte ingen av ham, og han ble antatt død før han til slutt viste seg måneder senere i Placerville, California, hundrevis av miles unna.
Tilbake i Washington forsøkte Burr å forklare seg selv og spurte om å komme tilbake til innlegget sitt etter krigen. Men General Land Office sparket ham og fikk sin erstatning, Samuel C. Stambaugh, undersøke anklagene om uhyggelig oppmåling. I sin rapport var Stambaugh ikke snill. Han fant Burr skyldig i "stor etterlengelse ... ved ikke å skaffe seg beherskelse av sine varamedlemmer", og undersøkelsene var feil. Alt arbeidet måtte gjøres over. Selv om spenningen hadde gått noe bort, var den nye landmåleren ikke mye vennligere mot Mormons interesser enn Burr hadde vært. Han anbefalte den føderale regjeringen ikke å selge noe land før kongressen kunne "indusere annet enn Mormons emigrasjon til territoriet."
Det ville være ytterligere ni år før den føderale regjeringen åpnet et landskontor for å legge til rette for salg av land til nybyggere, godt etter nærliggende områder. Utah ble da ikke en stat til 1896, igjen, år etter Dakotas, Montana, Idaho og Wyoming. Selv da forblir føderal regjeringen mistenkelig for statens Mormons befolkning: Utah ble sluppet inn i foreningen bare under forutsetning av at kirkens offisielle støtte til polygami ble avskaffet.